vagrant upしたら突如、新規の仮想マシンがインストールされてまっさらな状態になってしまい、仮想マシンを作りなおそうかと思ったのですが、解決方法が有りました。
vagrant up で立ち上がる仮想マシンの確認
idに仮想マシンのidが書いてある。
[VAGRANT_HOME]/.vagrant/machines/default/virtualbox/id
VirtualBoxの仮想マシンの確認
{}で囲まれた部分にidが書いてある。
$ VBoxManage list vms "aaa_default_1415254938" {d861c386-21d2-4728-881d-293f71d24630} "bbb_default_1416555723" {fe5a7078-bd38-4138-a48b-6fce2b32cf0c}
立ち上げたい仮想マシンのidを、vagrantのidに上書きして、vagrant upすれば無事、立ち上がりました。