Xcode5以前はOrganizerから、更新や削除ができたのですが、Xcode5になってから、Preferencesから参照、更新、削除を行うようです。

Xcodeの[Preferences..]から、設定を開き、[Accounts]タブを開きます。
Accounts

対象のApple IDを選択し、View Details..からProvisioning Profileの更新や確認、削除ができます。

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